菲律宾是一个辽阔的群岛国家，由分布在298,000平方公里领土中的7,000多个岛屿组成。这整个国家可以分成3个主要的潜水区域：东部地区的米沙鄢群岛(The Visayas)和宿务(Cebu)，苏禄海南部的图巴塔哈珊瑚礁国家公园(Tubbataha Reefs National Park)，以及北部地区离首都马尼拉不远，位于八打雁省(Batangas)的科隆(Coron)和阿波礁(Apo Reef)。这些潜水目的地综合了许多不同类别的海洋生态系统，并拥有良好的环境支持各类繁多的海洋物种，这就让菲律宾成为了世界生物多样性海域之一。在菲律宾潜水，由于各个潜点之间相隔较远，且较为分散，因此游轮潜水(船宿)之旅成为了体验菲律宾各个潜水区域的最佳选择。
米沙鄢群岛(The Visayas)拥有多处被软珊瑚和硬珊瑚覆盖着的岸礁，平缓的海底斜坡，和迷你海墙等。由于有时大型的诱饵鱼群会在莫布岛(Moalboal Island)和佩斯卡多尔岛(Pescador Islands)的珊瑚礁附近聚集，这就让潜水员有机会在宿务岛(Cebu Island)南部边缘地带与鲸鲨偶遇。而在马拉帕斯卡岛(Malapascua Island)的北部，清晨的早潜则有机会在众所周知的清洁站附近看到长尾鲨。
图巴塔哈珊瑚礁国家公园(Tubbataha Reefs National Park)为潜水爱好者们提供了一些最为偏远和原始的热带潜水机会。此处海底垂直的海墙上长满了茂密的珊瑚，吸引了许多远洋生物如蝠鲼群和大型鲨鱼。该地区可以让潜水爱好者们体验菲律宾未遭破坏且独特的海底世界。
科隆(Coron)以其在布桑加岛(Busuanga Island)附近大量的日军二战残骸而闻名世界，这些残骸多数是在科隆湾战役中被击沉的，而且大部分残骸都是在休闲潜水的极限范围之内。此外，在阿尼洛(Anilao)附近还有世界顶级的“淤泥潜水”，潜水员可以看到许多独特的海兔品种和一些其他罕见的海洋生物。阿波礁自然公园(Apo Reef Natural Park)是一个面积约42平方公里的巨大公园，拥有无数的珊瑚礁和潜点。在此，潜水员可以在珊瑚墙，露头珊瑚，和海底缓坡间与大群的鱼类，礁鲨，中上层鱼类，如蝠鲼群，燕魟群等一同潜水。
